W roku 1627 reformaci prowincji wielkopolskiej pw. św. Antoniego zaproszeni przez Kaspra Lasockiego przyjęli nową fundację w Brzezinach. Fundatorem drewnianego klasztoru był Adam Wężyk, kościoła zaś Marcin Wielkowski.

Konsekracji dokonał biskup włocławski Maciej Łubieński 28 VIII 1639 r.

Obecny kościół, wystawiony na miejscu poprzedniego staraniem Adama Lasockiego i jego żony Teofili, konsekrował sufragan włocławski Andrzej Albinowski 28 VIII 1700 r.

Budynek klasztorny wznoszono etapami z ofiar różnych dobrodziejów. W 1736 r. zabudowania klasztorne opasano murami.

W latach 1755 – 1763 świątynia otrzymała jednolite wyposażenie wnętrza, dzieło snycerza Józefa Eglaunera.

W roku 1864 zamknięto klasztor za udział zakonników w powstaniu styczniowym. Kościół obsługiwał kapłan diecezjalny i on też zajmował część klasztoru. Kilka cel narożnych na piętrze przerobiono na cerkiew. W pozostałej części zabudowań mieściły się urzędy starostwa.

Franciszkanie prowincji Matki Bożej Anielskiej objęli kościół i klasztor w 1921 r.

W czasie II wojny światowej w roku 1941, Niemcy usunęli zakonników, a kościół zamienili na skład ubrań i amunicji.

Dnia 19 stycznia 1945 r. okupanci podpalili zabudowania. Wypaliło się wnętrze kościoła oraz uległ zniszczeniu klasztor.

Klasztor i Kościół odrestaurowano w latach 1947 – 1952; również w następnych latach podejmowano szereg prac restauracyjnych i uzupełniających, które prowadzi się do dzisiaj, m. in. adaptując nie wykończone jeszcze wschodnie skrzydło klasztoru, w którym wystawiono salę teatralno-kinową „Pokój i Dobro”. W obrębie murów klasztornych powstał parking dla wiernych przyjeżdżających do klasztoru. W ogrodzie urządzono boiska sportowe.

30 listopada 2008 r. dekretem Ks. Abp Władysława Ziółka, Metropolity Łódzkiego erygowano przy klasztorze parafię pw. św. Franciszka z Asyżu.

Duszpasterstwem objęci są parafianie, sympatycy klasztoru, siostry bernardynki, szpital powiatowy w Brzezinach, Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych nr 1, Szkoła Podstawowa w Bogdance oraz szereg grup formacyjnych (Franciszkański Zakon Świeckich, Rodzina Radio Maryja, ministranci, scholka, Krąg biblijny, Żywy Różaniec…). Zakonnicy służą pomocą duszpasterską okolicznym parafiom.

7 lutego 2009 r. poświęcono odrestaurowany wg przedwojennych planów ołtarz główny kościoła, którego patronem jest św. Franciszek.